L’edificio si articola in due piani. Al piano terra si accede a un atrio e a una grande sala a tre navate (basilica) in cui sono raccolti elementi architettonici, stele funerarie, ritratti e materiale epigrafico, allestiti secondo criteri antiquari tipici del tardo '800. Lungo la navata centrale, a pavimento, sono collocati tre pavimenti in mosaico, due con motivi geometrici, il terzo con l’immagine delle Tre Grazie.
In una sala contigua, a destra dell’entrata, sono esposti elementi decorativi pertinenti agli spazi pubblici e privati di Concordia, nonché monete rinvenute nell’agro concordiese. Al piano superiore alcune vetrine raccolgono materiali provenienti da raccolte di collezionisti locali o da scavi condotti, sullo scorcio del XIX secolo, da Dario Bertolini; si tratta di manufatti pertinenti alla frequentazione preromana del sito e alla città romana tra cui alcuni bronzi figurati. Si prosegue poi con materiale minuto diviso per classi: vetri, gemme, ornamenti in ambra, lucerne e altri oggetti di uso quotidiano. A questi si aggiunge una selezione dei numerosi reperti provenienti dagli scavi condotti a Concordia Sagittaria.